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ポケモンホームの公式からの回答です。有料プランから無料プランに切り替えると、プログラムにより収納数が制限されているため、31匹以降のポケモンは消えてしまいます。この制限を外すには有料プランへ戻す必要があります。また、ポケモンホームはポケモンを収納するためのアプリであり、ポケモンをプログラムによりダウンロードするものではありません。なお、ポケモンSVやポケモンレジェンズアルセウスなどのダウンロードコンテンツやDLCは、それぞれのゲームのアプリ内でダウンロードする必要があります。ご注意ください。
