ポケモンタワーには、かつてロケット団のボスであるサカキが現れたことがありました。彼はゆうれいポケモンの力を使ってタワーを支配しようとしていました。
しかし、ある日、主人公やその仲間たちがゆうれいポケモンたちを解放し、タワーを襲撃します。戦いの中、主人公はサカキとの最後の決戦に挑みます。
サカキはパワフルでトリッキーなポケモンを操り、主人公に苦戦を強います。しかし、主人公と仲間たちは協力して強力な攻撃でサカキのポケモンに立ち向かいます。
最後に、主人公の特別な仲間であるピカチュウが放った10万ボルトで、サカキの最強のポケモンであるギャラドスを倒します。その後、サカキは打ちのめされ、自分の間違いを悔やみながらタワーから去っていきます。
主人公たちはタワーに平和を取り戻し、ゆうれいポケモンたちと共に楽しい時を過ごします。サカキは再び姿を現すことはありませんが、ポケモンタワーに対する脅威はなくなり、主人公は英雄として称えられることになります。
