ポケモンバイオレットでは、主人公がパルデア地方を冒険し、ストーリーを進めます。そのストーリーのラストは、悪の組織「ギガンティック」による最終決戦となります。ギガンティックはパルデア地方に強烈な毒ガスをまき散らそうと企んでおり、主人公や仲間たちはその阻止に向けて戦います。
しかし、その裏でギガンティックの真の目的は、パルデアの大穴と呼ばれる深い穴の中にあるポケモン「ラシム」を手に入れることでした。ラシムは通常のポケモンとは異なる特殊な能力を持っており、ギガンティックはそれを利用して世界征服を企んでいたのです。
主人公たちはパルデアの大穴の秘密を知り、ラシムを守るためにギガンティックとの最終決戦に挑みます。そして、主人公たちの奮闘の末、ギガンティックは敗北し、パルデアの大穴の秘密は守られることになります。
エンディングでは、パルデア地方に平和が戻り、主人公たちはこの冒険を通じて成長し、新しい友情や絆を築き上げています。また、パルデアの大穴には新たな秘密が隠されていることが示唆され、これからも冒険が続くことを予感させます。
