このストーリーは、ポケモンファイアレッドというゲームの最後の部分で起こる出来事です。レッドという主人公は、ポケモンのトレーナーとして冒険を続けてきました。彼は強いポケモンを育て、ついに最強のチャンピオンとして名を馳せることができました。
しかしある日、突然現れた謎の敵・M（エム）と名乗るトレーナーによってレッドのポケモンたちは全員倒されてしまいます。彼はシルフカンパニーのボスであり、レッドに対して強い恨みを抱いていました。レッドは再び立ち上がり、ピカチュウと力を合わせてMに挑みますが、Mのポケモンはあまりにも強く、レッドとピカチュウも倒されてしまいます。
その後、レッドは気が付くと自分が操られていることに気づきます。なんと正体がMに乗っ取られたレッドでした。そして、Mの最終目的はポケモンの力を使って世界を支配することでした。自分の意思とは関係なくポケモンを操り、他のトレーナーを倒していきます。
しかし、レッドの友達であるグリーン、ブルー、リーフが彼を止めるために立ち上がります。彼らは自分たちの大切な仲間としてのレッドを信じて、激しい戦いを繰り広げます。最終的にはレッドを取り戻すことに成功し、レッドは正気を取り戻します。
そして、レッドとグリーン、ブルー、リーフの四人で力を合わせ、最後の最後でMを倒すことに成功します。しかし、ポケモンを操るMの影響で、ポケモンたちが再びレッドと闘いを始めてしまいます。レッドたちが心を合わせ、ポケモンたちを説得すると、彼らもまた正気を取り戻し、世界は平和に戻ります。
最後に、レッドたちは互いの手を取り合い、冒険を通じて築いた絆を確かめ合います。レッドが消えた世界は再びポケモンの世界に戻り、新たな冒険が始まります。
