シナリオ最終回では、主人公は鳥ポケモンだけを集めた最強のパーティを組み、最終ボスであるポケモンマスターに挑戦します。ポケモンマスターは、世界中のトレーナーを倒してその名を知らぬ者はいないほどの強豪であり、主人公を待ち構えています。
主人公は、過去の冒険で仲間となった鳥ポケモンたちと団結し、最強の戦略を練り上げます。そして、ポケモンマスターとの壮絶なバトルが始まります。
ポケモンマスターは、鋭い目つきで主人公のパーティを見つめ、「鳥ポケモンを使うとはなかなかの度胸だな」と言い放ちます。そして、彼の最強のポケモンを連れてきて、主人公との壮絶なバトルが繰り広げられます。
主人公の鳥ポケモンたちは、それぞれの得意な技やタイプを駆使し、ポケモンマスターのポケモンに挑みます。ポケモン同士の鮮やかな攻防が続きますが、主人公の鳥ポケモンたちの絶妙なコンビネーションにより、ポケモンマスターのポケモンたちも次々に倒されていきます。
そして、ついに最後のポケモンマスターのポケモンが倒され、主人公の勝利が決定します。ポケモンマスターは脱帽し、主人公を認め「お前こそ真のポケモンマスターだ。尊敬する」と言い放ちます。
こうして、主人公は鳥ポケモンだけを集めた最強パーティで、世界最強のポケモンマスターに勝利し、冒険を終えます。これからは、主人公のポケモンたちとの日々の生活が始まります。しかし、もし新たな強敵が現れたとしても、主人公と鳥ポケモンたちの絆はいつも強く、それを乗り越えることができるでしょう。主人公と鳥ポケモンたちの絆は、永遠に続いていくのです。
