ポケモン ルビーサファイアの物語の中で、主人公はアクア団とマグマ団という二つの悪の組織と対峙することになります。アクア団は海を守るために海のポケモンを集め、マグマ団は陸を守るために陸のポケモンを集めています。それぞれの団のリーダーは、アクア団のアクアリーダーとマグマ団のマグマリーダーと呼ばれています。
しかし、二つの団の理想は正反対です。アクア団は海を綺麗に保つことを目的としており、海のポケモンを守ろうとしているのに対し、マグマ団は自然を改変しようとしています。これは陸のポケモンを守るためだと主張していますが、実際には自分たちの利益のために自然を破壊しているとも言えるでしょう。
二つの団のリーダーはそれぞれ自分の理想を実現するために主人公と戦い、かつて一緒に旅をしていたライバルとも戦います。しかし、最後まで両団の理想が正義なのかどうかは明確には決まりません。主人公やプレイヤー自身もどちらを支持するか悩むことになります。
このように、ポケモン ルビーサファイアの物語には「正義」に対する視点の違いが描かれています。両方の団のリーダーたちも自分の理想に熱く語りますが、果たしてどちらが本当の正義なのかはプレイヤー次第。物語が進むにつれて、主人公やライバルも自分の考えを見直すことになり、真の正義を見つけることができるのかもしれません。
