第1章は、ホウエン地方が海に沈む世界線の始まりを描いた物語です。
物語の舞台は、ホウエン地方に位置する島々の1つ、サトポリ島でした。主人公である少年トレーナーは、サトポリ島で育ったばかりの新米トレーナーでした。
ある日、トレーナーとしての最初のポケモンを手に入れたトレーナーは、ひょんなことから海底洞窟を訪れます。そこで、不思議な声を聞き、危険な状況に遭遇します。
その声を求めて洞窟の奥へと進むと、トレーナーは輝くプリズムタワーにたどり着きます。そこでトレーナーは伝説のポケモン、グラードンとカイオーガの戦いを目撃します。
その後、プリズムタワーは崩壊し、海底のソーティス海底洞窟にトレーナーとポケモンは閉じ込められてしまいます。そして、地震や津波の影響でホウエン地方は大きな被害を受けてしまいます。
こうして、ホウエン地方が海に沈む世界線の始まりが描かれました。トレーナーとポケモンたちは、失われたホウエン地方を救うために冒険の旅に出ることになります。
