ポケモンユナイトは、ポケモンが遊ぶことができる仮想世界のことです。しかし、ある日、ミュウツーというポケモンが暴れ始め、ポケモンたちは大きな被害を受けました。その被害を受けた中には、本来の姿を隠している真のポケモンたちもいました。
ミュウツーはかつて実験されたポケモンで、自分が最強であることを証明したいという気持ちから、ポケモンたちをいじめ始めました。そして、ポケモンたちは次々と強い技と進化を習得してミュウツーに立ち向かいますが、ミュウツーの圧倒的な力には勝てませんでした。
しかし、偶然にも真のポケモンであるピカチュウとサイヤイ人のゲンキンがユナイトの世界に迷い込んできました。彼らはミュウツーを見て、被害を受けたポケモンたちを助けることを決意します。そして、ピカチュウとゲンキンは協力してミュウツーとの戦いに挑みます。
町の中で、ミュウツーとピカチュウの激しいバトルが繰り広げられる中、ゲンキンはミュウツーを説得しようとします。ミュウツーは最初は聞く耳を持ちませんでしたが、ゲンキンの言葉やピカチュウの勇気ある姿に心を動かされ、自分が間違っていたことに気付きます。
そして、ミュウツーはポケモンたちに謝罪し、その強さを鎮め、ポケモンたちと一緒に平和な世界を作ることを誓います。そして、ポケモンたちとミュウツーは友達になり、ポケモンユナイトの世界は再び平和な日々を迎えることができました。
