「キタカミの里」は、かつてポケモンたちが住む平和な村でした。しかし、ある日突然謎の病気が流行し、村の人々やポケモンたちが次々に倒れてしまいました。村の長老は、この病気を「渇望」と名付け、村の守り神である伝説のポケモン「白虎ミュウツー」の力によって治療を行おうとしました。
しかし、白虎ミュウツーもまた「渇望」に倒れてしまい、村は治療の手立てを失ってしまいました。そこで、村の若者である主人公は、村を救うために冒険に出ることを決意しました。
旅の途中で主人公は、他の伝説のポケモンたちと出会い、彼らから「渇望」の真相を知ることになります。それは、誰もが持つ欲望や願望が集まり、強大な力を生み出す「渇望の珠」が原因だったのです。この力がポケモンたちを支配し、村の人々もまた病気に侵されていたのです。
主人公は、白虎ミュウツーの力を借りて「渇望の珠」を破壊し、村の人々とポケモンたちを救うことに成功します。しかし、その力を使った主人公もまた「渇望」の症状に襲われ、自分自身を抑えるために旅を続けることになります。
最終回では、主人公が白虎ミュウツーのもとへ帰ってきます。白虎ミュウツーは主人公に、自分が救われたことを伝え、また新たな「渇望の珠」が出現したことを伝えます。主人公は、さらなる冒険に出ることで新たな力を手に入れ、再び「渇望の珠」を破壊する決意をします。
この物語は、人間やポケモンたちが抱える欲望や願望が強すぎると、それが世界を支配し、災いをもたらすことを教えてくれます。しかし、主人公のように、自分の力を抑えることや助け合うことで、その災いから逃れることができることを伝えています。
