このシナリオでは、ポケモンの世界であるホウエン地方が、海の中に沈んでしまったという設定で展開されます。しかし、今回注目するのは、プレイヤーがカントー地方に移動してからの物語です。
カントー地方に住む主人公は、ポケモンマスターを目指す10歳の少年です。ある日、カントー地方は突然巨大な地震に襲われ、多くの場所が壊滅的な被害に遭いました。同時に、海が突然引いていき、何もかもが露出しました。その中には、カントー地方から遥か遠いホウエン地方のランドマークやポケモンたちも含まれていました。
主人公は地震の被害から逃れながら、海底に露出したホウエン地方の一部にたどり着きます。そこで、主人公は以前から憧れていたホウエン地方のポケモンたちとの出会いを果たします。彼らもまた、突然の海底出現に驚きながらも、主人公に助けを求めてきます。
主人公はポケモンたちと協力し、カントーとホウエンをつなぐ道を探し、海底に沈んだホウエン地方の謎を解く旅に出ます。カントーの人々も参加し、被害を受けた場所の復興作業を手伝います。
様々な困難や敵との戦いを乗り越えながら、主人公たちは海底に沈んだホウエン地方の真相に迫り、最終的には海底からホウエンを救い出すことに成功します。そして、海の上で再び輝くホウエン地方を見た主人公たちは、悲しみや悲壮感から抜け出し、新たな冒険への旅立ちを決意します。
