海に沈んだホウエン地方の最終章は、氷山が浮かぶ海の底にあるホウエンの都市を舞台に展開します。
かつては栄華を極めた都市は、今や海の底に沈んで廃墟となり、海の生物たちが住み着いています。主人公たちは、過去に起こった大災害やその真相を解明するため、あの海底都市に向かいます。
しかし、都市には古代ポケモンや過去の怪事件が蘇り、主人公たちは海の生物たちと協力しながら様々な謎を解いていきます。やがて、都市の秘密が明らかになり、主人公たちは大きな運命に巻き込まれていきます。
そして、最後には主人公たちが水中でバトルするシーンが印象的です。ホウエン地方のヒーローたちが仲間と協力して、難攻不落の敵に立ち向かう最終決戦は、過去の遺産を守るためにも必要な戦いとなります。
最終章では過去と現在が交錯し、主人公たちの冒険は終わりを迎えます。だが、ホウエン地方の海の底で起きた物語は今後も語り継がれることでしょう。
