ポケモンの世界には、伝説のポケモンや強力なポケモンが多く存在します。しかし、それらのポケモンには珍しい能力が備わっていることがあり、その特殊な能力を持っているポケモンを「SVポケモン」と呼ばれています。
そんな中、パルデア地方では伝説のSVポケモンが存在し、その存在は伝承や伝説として古くから語り継がれてきました。そのSVポケモンは「シュラシュラ」と呼ばれており、世界中のトレーナーたちがその力を求めてやってきます。
ある日、パルデア地方にやってきたトレーナー、立伝都都（りつでんとと）はシュラシュラを探し求め旅をすることになります。旅の途中、都都は同じくパルデア地方を旅するトレーナーのにじさんじメンバーと出会います。
メンバーにはそれぞれ得意なタイプのポケモンがおり、都都と協力し合って様々なジムを攻略し、グランドフェスティバルに挑戦します。そこで都都は、シュラシュラを手に入れるための試練を乗り越えますが、仲間との絆や強い意志と共にシュラシュラを倒し、ついに立派なトレーナーとしての道を歩み始めるのでした。
しかし、シュラシュラの力を手に入れたことで新たな敵も登場し、世界を守るために立派なトレーナーたちの戦いは続いていきます。
