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ポケモン後日談では、主人公の加賀美ハヤトは、ある場所で変わり果てた姿をしたポケモンのゼイユに出会います。
ゼイユは以前はとても美しい姿をしていたポケモンでしたが、ある事件によって強い影響を受け、姿が変容してしまいました。しかし、その姿に変わってもなお強い力を持つゼイユは、多くのポケモンたちから畏怖されていました。
加賀美ハヤトはゼイユとの邂逅を通じて、その変わり果てた姿の裏にある悲しい過去を知ることになります。そして、ゼイユに対して同情し、少しずつ心を通わせていきます。
加賀美ハヤトは、自身がゼイユにできることは何かを考え、ゼイユを改善するために尽力します。そして、ゼイユ自身も加賀美ハヤトの優しさと力によって少しずつ元の姿に戻っていくことができました。
最終的には、加賀美ハヤトとゼイユは強い絆で結ばれ、一緒に新たな冒険をすることになります。このように、ポケモン後日談では変わり果てた姿のポケモンを救い、共に新たな旅をすることがテーマの一つとなっています。
