主人公はレジョロックを倒した後、その力によって突然別の人格に乗っ取られてしまいます。それはかつてホウエン地方を混乱させた邪悪な存在であり、主人公の精神と肉体を支配し始めます。乗っ取られた主人公は最初はその力に抗い、自分の意思を保とうとしますが、次第に邪悪な思考や行動に支配されていきます。
その結果、主人公の周りの人々やポケモンたちが危険にさらされ、世界は混乱に陥ります。かつて主人公が助けたポケモンたちも乗っ取られた主人公によって苦しめられ、友情を失ってしまいます。
最終的には主人公の力が強まり、ホウエン地方全体が邪悪なエネルギーに覆われてしまいます。主人公もその力によって完全に邪悪な存在に変貌し、周りの人々やポケモンたちも全てが滅びてしまいます。主人公は最初の自分の意識を取り戻しながらも、既に手遅れであることに絶望し、永遠に世界を闇に包み込んでしまうのでした。
