ポケモンエメラルドは、主人公がホウエン地方を冒険し、ジムリーダーやポケモンリーグを倒して最強のポケモントレーナーになる物語である。しかし、ある日突然、主人公は自分の意志とは関係なく乗っ取られてしまう。
これは、主人公が泳いでいる最中に突如現れた謎のポケモンによって、意識を乗っ取られたことによるものだった。乗っ取られた主人公は、自分ではなく謎のポケモンになり、周りの人々やポケモンたちとは違う視点から物語を進めることになる。
謎のポケモンは、自分の目的を達成するために幾つかのジムリーダーや悪の組織と手を組み、ホウエン地方を混乱させていく。そして最終的には、主人公が倒すはずだったポケモンリーグに挑戦し、勝利を手にする。
しかし、その勝利の裏には主人公の意識が取り戻されたことによって、謎のポケモンが消滅するという結末が待っていた。主人公は自分が乗っ取られていた間の記憶を失い、周りの人々には自分が幻想だったと思われることになる。
このように、主人公を乗っ取られた世界は一見冒険の成功に見えるが、実際には主人公が失ったものも多く、周りの人々にも大きな影響をもたらす終わり方となるのである。
