じゅたろうくんはとある夏休みの日、ポケモンを探しに森へと冒険に出かけました。しかし、その森にはいつもと違う不思議な力が宿っているようで、急にじゅたろうくんの体が小さくなってしまったのです。そして、目の前にはなんとポケモンの世界が広がっていました。
そんな中、じゅたろうくんはとても不思議なポケモンたちと出会い、さまざまな冒険を経験しました。しかし、突然じゅたろうくんはひとりのポケモンに追いかけられることになりました。それは迷子のじょうたろうくんだったのです。
じゅたろうくんはじょうたろうくんを助けるため、ポケモンフレンダの中に入ってさまざまな謎を解きながら探しました。そして、ついにじょうたろうくんを見つけ出し、ポケモンたちはひとつの大冒険を乗り越えたのです。
夏休みのはじまりとともにふたりは元の世界に帰ることができましたが、ポケモンとの不思議な思い出はふたりの心にずっと残りました。
