ホウエン地方の海には、多くのポケモンたちが生息しています。その中でも特に強力なポケモンの一つがメタグラードンです。メタグラードンは鉄のような体を持ち、その力は海の底にまで届くほどです。しかし、ある日突然、ホウエン地方の海が突然沈んでしまいました。その原因は不明でしたが、沈んだ海の中にはメタグラードンの姿も見つかりませんでした。また、沈んだ海の周辺では電気が使えなくなるなど、不思議な現象が起こっていました。
人々はメタグラードンが海の力を使って沈めたのではないかと推測しましたが、実際のところその真相はわかりませんでした。しかし、メタグラードンが姿を消したことで海は水質汚染が進み、海の生き物たちも次第に姿を消していきました。
そんな中、ある探検家が沈んだ海の底にたどり着き、そこで偶然メタグラードンの姿を目撃しました。驚いた探検家はすぐに他の人々に知らせ、メタグラードンを救うために様々な方法が試されました。しかし、メタグラードンは暴れまわり、その強大な力によって周りの環境はますます悪化していきました。
そんな中、メタグラードンにそっくりなポケモンが現れました。その名はガブリアスといいます。ガブリアスはメタグラードン同様、鋼のような強さを持ちますが、より柔軟に動くことができます。ガブリアスはメタグラードンを説得し、海を救うために協力しました。二人の強力なポケモンの力で、海の汚染は徐々に浄化されていき、生き物たちも戻ってきました。
そしてついに、メタグラードンは海を浮上させることに成功し、海の生態系も元に戻りました。そして再びホウエン地方の海は活気を取り戻し、この事件は「海に沈んだホウエン地方」と呼ばれるようになりました。しかし、永遠の敵としてメタグラードンとガブリアスの戦いは続きました。それでも、二人は海の守り手として、ずっと海の平和を守っていくのでした。
