「海に沈んだホウエン地方 最終章」は、ポケモンの世界で起こった大きな事件の最後の章です。ホウエン地方という場所が海に沈んでしまったという驚きの事実が明らかになり、その地方に住んでいたポケモンや人々の命が危険にさらされました。
この事件の起こりは、悪しき団体「アクア団」が、ホウエン地方の海で古代ポケモンを目覚めさせてしまったことにあります。彼らはこの地方を支配しようと画策し、古代ポケモンを使って海を汚染し、結果的に海に沈む原因となってしまいました。
主人公であるトレーナーは、仲間と共にアクア団を倒すために立ち上がり、古代ポケモンを止めるために奮闘します。そして、最後の決戦の末、トレーナーたちはアクア団を打ち破り、古代ポケモンの力を封印することに成功します。
しかし、既に海は汚染されてしまっており、その海に住むポケモンたちや人々は避難するしかなく、ホウエン地方は海に沈んでしまいます。トレーナーたちは悲しみに包まれますが、同時に生き残ったポケモンや人々の力で新たなホウエン地方を築きあげる決意を固めます。
それから数年後、ポケモンリーグも新しく開催され、再建されたホウエン地方の姿が見事に復活します。トレーナーたちは、また新たな冒険を始め、ポケモンたちは新しい環境にも順応していきました。そして、海に沈んだホウエン地方の悲劇は、再び美しい物語として語り継がれることとなりました。
