ポケモン金銀のストーリーには、２つの自然公園にまつわる謎が存在します。一つはゲーム中で最初に訪れる「進化の森」、もう一つはゲームの最後に訪れる「幻の村」です。
「進化の森」では、古代のポケモンが生きており、それを見ることができるプレイヤーは非常に稀です。この森の中には、「進化のねがい」がという伝説のアイテムが隠されており、ポケモンが強力な能力が与えられると言われています。しかし、実際にアイテムを手に入れることはできません。この謎は現在でも解明されていませんが、進化の森にまつわる伝説や謎は多くのプレイヤーを魅了し続けています。
「幻の村」では、古代のポケモンが住んでいると言われています。村には神秘的な雰囲気が漂い、異世界のような場所とも言われています。村の中には「幻の水晶」があり、これを手に入れることができると言われています。しかし、プレイヤーは村の住人との交流を通してこの水晶を入手することになり、それも非常に困難な旅の末に手に入れることができます。この村には多くの謎が隠されており、未だに完全に解明されていない部分が多くあります。
これら２つの自然公園にまつわる謎は、プレイヤーを新しい発見への冒険へと誘います。また、古代のポケモンが生きる自然公園という設定は、ポケモンの世界観に神秘性を与え、さらに世界を探索する魅力を高める要素となっています。
