この物語は、ポケモンの世界を舞台にしたパルデア地方の冒険の物語です。立伝都々という都市に住む主人公は、ポケモンを育てることが大好きな少年です。ある日、彼のもとに伝説のポケモン・ルギアがやって来ます。ルギアは特殊な力を持っているため、世界の均衡を保つためには必要不可欠な存在ですが、その力が封印されてしまったために均衡が崩れてしまい、ルギアを手に入れた者がポケモンを支配することができるようになってしまいます。主人公はルギアを守るため、伝説の聖地・リザードン寺院へと向かいます。
伝説の聖地には、伝説ポケモンの力を封印するための四つのクリスタルがあります。しかし、それを守る四天王を倒さなければクリスタルを手に入れることができません。主人公は立伝都々の仲間たちと協力して四天王を倒し、クリスタルを手に入れることに成功します。そして、主人公はルギアの力を取り戻し、世界の均衡を取り戻すことに成功します。
しかし、それだけでは物語は終わりません。主人公たちはリザードン寺院を守るため、さらなる強敵との戦いに挑みます。その強敵とはなんと、主人公と同じくポケモンを育てることが大好きな伝説のトレーナー、ルネ・サンタナです。主人公とルネの戦いは激しさを増し、最後は両者のポケモンが倒れると同時にルネが主人公にルギアのクリスタルを手渡します。そして、ルギアの力が宿ったクリスタルを二人で持つことで、ルギアの力を制御し、世界の均衡を保つことに成功します。
最後に主人公は、ルネとの戦いを通じて自分の強さを磨き、立伝都々の英雄として称えられます。そして、新たな冒険の旅を歩み出すことになるのです。果たして、主人公たちは今後どのような冒険を繰り広げるのでしょうか。物語の行方には、ますます目が離せません。
